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En cette année 1599, Bèze a quatre-vingts ans et quelques ennuis de santé, mais ne cesse de se soucier du sort des Eglises réformées d'Europe. Malgré l'entrée en vigueur de l'Edit de Nantes signé l'année précédente, malgré la guerre de l'empereur contre les Turcs et la résistance des Pays-Bas face à l'Espagne, la Contre-Réforme est en marche un peu partout, provoquant chez Bèze des réflexions apocalyptiques.
La situation des Eglises suisses est cependant meilleure et Bèze espère qu'aucune pensée hétérodoxe ne viendra les perturber. Cette année encore, la France a une place très importante : il y est question du synode de Montpellier, du problème récurrent de la pénurie de pasteurs, de l'admiration particulière de Bèze à l'égard de la sour du roi, Catherine de Bourbon, protestante fidèle malgré son mariage avec le très catholique duc de Bar, futur duc de Lorraine.
De même se poursuit la correspondance régulière avec Duplessis-Mornay, dont le traité sur l'eucharistie a ravi Bèze autant qu'il a fâché le roi. Henri IV, justement, est alors en pleine négociation avec le duc de Savoie à propos du sort du marquisat de Saluces, ce qui ne laisse pas d'inquiéter les Genevois qui craignent que le roi ne leur retire sa protection. A cela s'ajoute la suite de l'affaire des « bagues » du roi, laissées en dépôt chez Bèze depuis une dizaine d'années ; malgré les lettres du réformateur qui demande au roi et à son entourage de l'en débarrasser, l'affaire continuera en 1600...
Enfin, en marge des transactions financières liées à la vente de sa bibliothèque aux Zastrisell, Bèze tente de persuader la généreuse famille morave de republier un Pentateuque imprimé autrefois à Constantinople.,
