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Depuis le XIXe siècle, la théorie politique de la Ligue catholique française (1585-1595) est considérée comme un simple plagiat des textes écrits par des monarchomaques calvinistes après le massacre de la Saint-Barthélemy (1572). Basé sur la version originale manuscrite du traité le plus important de la Ligue, rédigé par la Sorbonne pour le Conseil des Seize et pour Mayenne et envoyé au pape Sixte V en mars 1589, Cornel Zwierlein démontre que les traditions sur lesquelles la Ligue s'est appuyée sont le thomisme radicalisé de l ´école de Salamanca, le droit canonique, le conciliarisme et le gallicanisme.
Les archives françaises, ainsi que celles du Vatican et de l'Inquisition révèlent que le De justa populi gallici ab Henrico tertio defectione fut d'abord un document secret circulant entre la Ligue et la papauté. C'est seulement après l'assassinat d'Henri III (août 1589) qu'il fut publié dans une version augmentée et reconnu comme ouvre de Jean Boucher. A partir de mars 1589, le tyrannicide fut considéré comme constitutif de la Ligue.
La crise française et les développements intellectuels de 1589 annoncèrent d ´autres conflits entre catholiques et protestants sur la scène européenne, comme la controverse entre Jacques Ier d ´Angleterre et Bellarmin autour de 1610 ou la révolte de Bohême de 1618.
