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Pouvant faire sienne la devise de l'université parisienne "Hic et ubique terrarum", et comme toutes les universités européennes à l'époque moderne, l'université de Perpignan était inéluctablement partagée entre sa vocation universelle, liée à son savoir, et son adhésion physique et sociale au maillage urbain de la ville de Perpignan, oscillant ainsi entre l'universalisme et le localisme. Les dictionnaires anciens, évoquent l'université comme : "un corps de professeurs et d'écoliers, établi par autorité publique, pour enseigner et pour apprendre".
Au XVIIe siècle déjà le dictionnaire de l'Académie française avait jugé utile de préciser, à propos du mot "université", qu'il "Se prend aussi pour le lieu où l'on enseigne les sciences. La ville, cité (...)". Tous s'accordaient donc à reconnaitre l'irréductible consubstantialité qui existait déjà entre l'institution universitaire et la cité qui l'accueille. La ville de Perpignan et son université n'échappèrent pas à la règle.
Mais au-delà de l'institution, c'est l'ensemble de la communauté universitaire, étudiants et maîtres, qui s'inscrivait alors dans la vie urbaine et y occupait une place importante, même s'il est vrai que population étudiante et corps professoral se pensaient comme une entité en marge de son environnement premier. Cette particularité tient à des privilèges, à des réseaux de pérégrinations spécifiques, à une culture particulière et une sociabilité savante, truchement notamment de la transmission des Lumières.
Mais, pour autant que fût prégnant l'environnement urbain, l'université tenait juridiquement ses fonctions officielles de puissances extérieures à la ville : pape et roi. Ainsi, l'histoire de l'université se jouait aussi à une autre échelle et, par-delà son environnement immédiat, c'est le pouvoir royal absolutiste et ses acteurs locaux qui allaient marquer son histoire sous l'ancien régime. L'institution universitaire demeurait certes un haut lieu de transmission du savoir, mais elle était aussi un enjeu de pouvoir et de politique pour une monarchie soucieuse de son autorité, eu égard notamment à une province située aux marches du royaume et depuis peu française.
