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Abe Sapien est, avec Hellboy, l'une des premières recrues du B.P.R.D. (Bureau de Défense et de Recherche sur le Paranormal). Les origines de cet humanoïde amphibien, découvert dans une chambre scellée sous les fondations d'un hôpital de Washington, remontent à la guerre de Sécession. Durant ses investigations pour le B.P.R.D., Abe a découvert qu'il se nommait auparavant Langdon Everett Caul, scientifique et explorateur de l'occulte.
Depuis quelque temps, il se met à agir de plus en plus en solitaire, s'éloignant des autres membres du B.P.R.D. Après avoir été blessé par Fenix, et subi une mutation suite à cette tentative de meurtre, Abe Sapien continue à chercher des réponses sur son existence. En chemin, il se bat contre des monstres carnivores. Pendant ce temps, une milice surpuissante barricade la ville de Phoenix en l'isolant du reste du monde, et une horde de zombies vicieux, menée par un nécromancien fou, envahit les ruines infestées de monstres de Seattle...
La fin du monde n'est pas très loin.