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Près de quinze siècles séparent l'épidémie de peste de Justinien de celle de la Covid-19. Entre ces deux calamités, la population de Lugdunum devenue Lyon fut confrontée à de nombreux autres épisodes infectieux massifs tels que paludisme, typhoïde, lèpre, vérole, variole, choléra, tuberculose, poliomyélite... La situation géographique lyonnaise à la confluence de deux voies fluviales d'importance en a toujours fait un lieu privilégié d'échanges, de passages et de brassages de populations diverses.
De plus jusqu'à une période récente, le manque d'hygiène publique fréquemment rapporté par les chroniqueurs constituait autant de facteurs qui ont entraîné une importante exposition de la ville aux maladies infectieuses. Dès l'époque romaine des moyens efficaces de prévention avaient cependant été développés, qui se sont perpétués au cours du temps. En effet, Lyon a été souvent en avance dans la lutte contre les maladies infectieuses en préconisant très tôt des mesures d'hygiène qui ont servi d'exemple à d'autres villes du royaume, par exemple avec la fondation du Bureau de la Santé en 1581.
Cette commission sanitaire avait la capacité d'imposer des mesures sanitaires sévères si la situation l'exigeait. Elle a joué un rôle de premier plan en particulier lors de la tragique épidémie de peste de 1628 qui emporta la moitié de la population de la ville. Des maires de Lyon ont ensuite joué un rôle important, comme Gabriel Prunelle lors de l'épidémie de choléra de 1834 ou Edouard Herriot lors de la pandémie de grippe espagnole de 1918 et 1919.
Etonnamment, de la peste à la Covid-19, l'éventail des mesures adoptées et leurs applications ne diffèrent guère lorsqu'il s'agit de répondre à des crises sanitaires aiguës. Lyon s'est également distinguée dans le domaine de la lutte contre les infections en particulier au cours du XIXe siècle grâce à des médecins qui ont imposé à l'hôpital (Hôtel-Dieu et Charité) les règles fondamentales de l'antisepsie et de l'asepsie.
En témoignent les initiatives de Jean-François Terme, d'Antonin Poncet, de Louis-Léopold Ollier, d'Amédée Bonnet, Antoine Gailleton et de bien d'autres. Ils ont souvent donné leurs noms à des places et à des rues. C'est à Lyon que fut créée la première école vétérinaire du monde en 1761 par Claude Bourgelat, écuyer de Louis XV, qui s'illustra dans la lutte contre les épizooties, et dont l'oeuvre fut poursuivie par des sommités lyonnaises telles qu'Auguste Chauveau et Saturnin Arloing.
Et cette même école vétérinaire mit à disposition des médecins de l'Hôtel-Dieu ses équipements scientifiques à la fin du XIXe siècle, amorçant ainsi un rapprochement entre médecines humaine et animale. A Lyon sont également nés des géants de l'industrie biomédicale, grâce à l'implication de la dynastie des Mérieux dans la vaccination ou le diagnostic des infections. L'implantation de leaders mondiaux dédiés à la santé humaine et animale comme Sanofi et Boehringer-Ingelheim en constitue l'aboutissement.
De la peste de Justinien à la Covid-19, très largement illustré, analyse sur environ 500 pages les luttes qui ont opposé souvent avec succès les Lyonnais et habitants de la région à des maladies dont ils ignorèrent longtemps la cause bactérienne, virale ou parasitaire. Cette histoire deux fois millénaire se perpétue aujourd'hui avec la pandémie de la Covid-19, qui n'épargne pas plus la ville que le reste de la planète.
Evoquer cette histoire des épidémies, ceux qui les ont subis, les lieux qui en témoignent, les hommes qui les ont combattues ainsi que les moyens mis en oeuvre pour lutter contre les différentes infections, telle a été l'ambition qui a guidé les auteurs avec la volonté de transmettre leur passion de la microbiologie ainsi que la mémoire et l'histoire de leur ville, de son patrimoine matériel et immatériel.
