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Le XIIIe siècle est le siècle des cathédrales : cathédrales de pierre qui se dressent à Paris, Chartres ou Amiens, mais aussi cathédrales de l'esprit que sont les Sommes d'Albert le Grand ou de Thomas d'Aquin ou les collationes de Bonaventure. Au terme de plus d'un siècle de progrès intellectuel, où la méditation de l'Ecriture s'est enrichie de toutes les ressources de la philosophie, la théologie médiévale semble inaugurer, après 1200, son âge d'or.
De nouvelles institutions éducatives — les universités, au premier rang desquelles se détache celle de Paris — canalisent l'afflux des étudiants et garantissent aux théologiens la liberté de la réflexion. De grands papes réformateurs encouragent cet essor où se ressource le magistère romain. De nouveaux ordres religieux enfin, Dominicains et Franciscains, qui ont fait le pari délibéré du savoir et de la modernité, cherchent dans la théologie scolastique le langage et les moyens d'une conciliation entre l'Eglise et les mutations sociales et politiques du temps.
Mais cette synthèse, aussi brillante soit-elle, de l'institutionnel et de l'intellectuel, ne va pas sans risque. La faculté de théologie forge aussi les armes de la censure et de la répression. Les philosophes "averroïstes" voient briser leur rêve d'une pensée laïque. Le thomisme lui-même inquiète les tenants de la tradition augustinienne. Les grandes crises théologiques et religieuses de la fin du Moyen Age sont déjà en germe dans les débats qui agitent l'Université après 1250.
