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Daurat, soixante ans, grand voyageur, trois fois divorcé, vient de décrocher un contrat au Burkina Faso. C'est sans doute son dernier poste et il cherche un nouveau sens à sa vie en se lançant dans un projet audacieux, l'exploitation d'une mine d'or. De son côté, Lucie, encore étudiante, se remet d'un chagrin d'amour en préparant un doctorat en sciences de l'environnement et rejoint, à Ouagadougou, une association humanitaire.
Dans ce pays au climat rude, où la vie quotidienne est chaotique et la situation politique incertaine, la tension pointe. Le Corps de Sankara raconte le cheminement de deux déracinés, désireux de reprendre leur vie en main et confrontés à une réalité africaine éloignée de leurs repères. Bousculés dans leurs habitudes, ils s'attachent peu à peu à ce pays, y forgent des amitiés, jusqu'à ce que leurs destinées individuelles prennent un nouveau tournant, alors que la population se soulève.