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L'agitation radicale du 21 novembre 1841 à Genève contraignit le Conseil Représentatif à organiser une Constituante chargée d'élaborer une nouvelle constitution pour le canton. Cet événement, Rodolphe Töpffer le compara à une « catastrophe ». Auguste De la Rive le convainquit de participer à la création d'un journal dont l'objet serait de défendre les idées des conservateurs, défenseurs du régime politique qu'avait connu Genève pendant les « 27 années de bonheur ».
C'est ainsi que Töpffer ferrailla dans le Courrier de Genève - bihebdomadaire qui parut du 15 janvier 1842 au 22 mars 1843 - contre les radicaux et sa bête noire, James Fazy. Il laissera dans ce combat une partie de sa santé. La grande affaire qui occupa Rodolphe en 1842 et les six premiers mois de 1843 fut l'édition des Voyages en zigzag entreprise par son cousin parisien Jacques-Julien Dubochet.
Faire paraître un volume de grand format, orné de plusieurs dizaines de dessins, lorsque l'auteur habite à Genève et l'éditeur à Paris, exigeait un échange continuel de lettres qui se révélent passionnantes. La première livraison des Voyages en zigzag sortit de presse le 15 juin 1843, soit quelques jours avant le départ de Rodolphe Töpffer pour Lavey, village où l'envoyèrent ses médecins pour traiter ses yeux et ses rhumatismes.
En plus de toutes ces occupations, Rodolphe rédigea le récit du Voyage à Venise, de 1841, et organisa la dernière excursion de 1842 avec ses élèves, qui deviendra le Voyage autour du Mont-Blanc. Il publia aussi des Essais d'autographie, et rédigea quelques articles pour le Magasin pittoresque, revue qui venait de naître à Paris.