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Descartes, selon Hegel, est le héros de la philosophie moderne. Si l'affaire de la philosophie était déjà pour Platon celle de la « vérité de l'étant », il s'agit donc d'une nouvelle décision concernant l'essence même de la vérité. Au sens de Descartes, celle-ci est, dans son fond, certitude. À la différence des philosophes modernes pour qui, de Descartes à Nietzsche, l'entreprise grecque était déjà projet de certitude, Heidegger conçoit la certitude et le mode d'assurance qu'elle comporte comme l'interprétation cartésienne de la vérité.
De conséquence qu'elle était pour les Grecs, la sûreté devient avec Descartes principe. Là où s'établit l'homme nouveau, autrement dit le Sujet, certitude et méthode vont de pair. Leur combiné se nomme science. La philosophie moderne est alors le pays même des sciences dont elle exige le développement.
Pour la méthode au sens moderne, les sciences avec leur certitude constituent cependant un domaine encore trop étroit.
C'est pourquoi Nietzsche oppose à la méthode scientifique qui demeure en deçà du bien et du mal un nouveau « projet méthodologique » qui se déploiera au-delà de leur distinction, jusque-là où les deux « coïncident ». En quoi Nietzsche provient de Descartes, dont il promeut à son insu et pousse à bout l'initiative, mettant plutôt un point final aux « temps modernes » qu'il n'ouvre un nouvel horizon.