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Tokyo, XXIe siècle. Pour enrayer le réchauffement climatique, les villes du monde entier sont sommées d'accélérer leurs politiques de reforestation urbaine. Akira, un jeune lycéen, prend le métro tokyoïte pour retrouver Yui, l'amie à qui il n'a jamais su avouer ses sentiments. Mais suite à une soudaine coupure de courant, lui et d'autres passagers se retrouvent bloqués sous terre. Quand enfin Akira regagne la surface, le monde n'est plus le même : des plantes gigantesques se sont mises à attaquer les humains.