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Du XVIe au XVIIIe siècle, les conflits opposant catholiques et calvinistes ont pris différentes formes : tentatives d'extermination de la religion adverse dans des massacres et des batailles, persécutions juridiques, guerres de libelles stigmatisant le caractère diabolique des hérétiques. Par delà les divergences entre catholiques et réformés, s'opposèrent plusieurs figures de l'intolérable. Les partisans de l'unité religieuse font de la tolérance une faiblesse et une faute ; ils célèbrent les persécutions ou les conversions forcées comme des ouvres de charité et de justice.
Leurs adversaires refusent d'être assimilés à de lâches indifférents, dénoncent les horreurs du fanatisme et voient dans la tolérance le seul moyen de rétablir la paix et de défendre des valeurs morales et religieuses. L'idée de tolérance s'est ainsi constituée à travers l'histoire des persécutions religieuses : c'est sur un champ théologique et politique qu'elle a pu prendre différents sens.