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En 2003, en pleine guerre d'Irak, le Sud-Africain Lawrence Anthony, propriétaire d'une réserve et fervent défenseur de la cause animale, décide de se rendre à Bagdad. Son but ? Porter secours au zoo de la ville. Ses pires craintes se vérifient une fois sur place : la violence des combats et les pillages incontrôlés ont causé la mort d'un grand nombre d'animaux.
Au mépris de sa propre vie, il décide de rester et parvient à unir soldats américains et civils irakiens autour d'un projet fou : protéger les bêtes qui ont survécu et reconstruire le zoo.
Au fil de ce témoignage puissant, Lawrence Anthony tentera aussi de sauver les lions du fils de Saddam Hussein et les purs-sangs arabes du dictateur déchu, cachés dans une écurie d'Abou Ghraib. L'Arche de Babylone est la chronique d'un zoo détruit par le chaos de la guerre et transformé en un parc paisible grâce aux efforts inouïs d'un homme, qui a su rendre leur dignité aux animaux comme à ceux qui les soignent.