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Dans « La nature des choses », il se penche en philosophe sur les rapports profonds qui existent entre l'homme et l'univers, au seuil et déjà peut-être au sein d'une des plus grandes crises de civilisation que notre monde ait connues. Historien des idées, analyste de celles-ci, André Beaufre va aussi loin qu'il veut lorsqu'il exprime les siennes, même s'il le fait avec une prudence d'examen et une pudeur telles qu'en écrivant il semble songer à son lecteur autant qu'à lui-même, veillant à ne jamais le heurter, à ne jamais exercer sur lui la moindre « force de dissuasion », afin de le conduire au terme de son livre comme à la conclusion d'un dialogue élevé avec un ami proche.
Cette conclusion, pourtant, est d'ordre spirituel sans aucune équivoque, mais André Beaufre nous y amène avec une prudence exemplaire qui pourrait être citée à bien des philosophes de profession : « Quand nous découvrons l'une des lois éternelles de la nature traduite par une formule mathématique, écrit-il, ce n'est pas l'agencement de la matière que nous découvrons, mais une parcelle de la pensée de Dieu ».