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L'auteur étudie, dans ce second tome, les maladies de philosophes célèbres aux XIXe et XXe siècles. Épidémies (choléra), maladies vénériennes pandémiques et cancers sont ici bien représentés par quatre figures majeures de la philosophie moderne. Au rationalisme absolu hégélien succéda le rejet de la religion occidentale traditionnelle et de la métaphysique par Comte et Nietzsche associé à leur souci mal maîtrisé du corps et de la sexualité.
Cette évolution aboutit à la revendication par Foucault d'un corps et d'une sexualité pleinement libres. À travers l'histoire médicale de ces quatre philosophes l'auteur retrace cette transition vers la modernité, en constatant qu'elle ne s'est pas réalisée sans risques majeurs pour la santé.