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À la fin du XIXe siècle, l'Europe, qui connaît une grande expansion, mène en Afrique des guerres de conquête. À la même époque, la médecine occidentale est en plein essor, avec l'usage croissant du microscope et les découvertes de Pasteur, de ses devanciers et de ses rivaux. La situation sanitaire en Afrique conquise est déplorable. Elle va s'aggraver avec les bouleversements induits par la colonisation : déplacements de population, travail forcé, traite commerciale...
L'administration coloniale s'attaque en priorité à la variole et au paludisme, maladies meurtrières certes. Mais elle occulte les ravages que font la lèpre, la maladie du sommeil et l'onchocercose, en AOF notamment. L'auteur s'attache particulièrement à ces trois grandes endémies. Pourquoi les structures de prophylaxie contre ces trois affections, ont-elles été mises en place tant d'années après la découverte des germes pathogènes ? Et pourquoi ces maladies persistent-elles de nos jours ? En analysant les logiques des politiques sanitaires mises en ouvre, cet ouvrage souligne qu'elles ont été établies en fonction des priorités de l'administration, qui sont des priorités économiques.
Ainsi, se profile l'opposition entre les détenteurs du pouvoir et du savoir, en particulier entre le personnel de la haute administration, et les médecins et les infirmiers de terrain.