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Un bureau secret de la SS est à la recherche du commandant Prien suite à son témoignage sur le massacre des juifs en Estonie. Ces soldats de l'ombre travaillent étroitement avec une poignée de hautes autorités britanniques en échange du pouvoir politique dans une éventuelle Allemagne vaincue d'après-guerre. Ils possèdent une arme redoutable sous la forme d'un sous-marin électrique et futuriste (le PU-262), conçu par des ingénieurs allemands, mais développé en parallèle et à grande vitesse par la SS.
Prien et son équipage feront le parfait complément pour leur première mission : acheminer de l'eau lourde de la Norvège à l'Angleterre. Mais il faut convaincre le commandant Prien, et celui-ci ne croit plus à la guerre après ce qu'il a vécu sur le front Est. La SS exploite cette faille et arrive à piéger l'U-47 en Haute mer après une bataille acharnée.