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Au XVIe siècle, un jeune garçon, prénommé Natanaël, don de Dieu en hébreux, est persuadé que l'amour gouverne tout sur Terre. L'éducation de son maître, Don Bignoli, le confirme dans cette conviction, et lui donne, de l'amour, un sens charnel qu'il n'avait pas soupçonné jusqu'alors. Devenu prêtre, il est persuadé que son sacerdoce est le meilleur moyen pour communiquer à autrui son amour de la vie.
Son comportement libertaire va le faire condamner par un tribunal ecclésiastique à passer le reste de ses jours dans un monastère pénitentiaire. Il s'échappe et connaît mésaventures et bonnes fortunes dans ses pérégrinations en Italie. Repris, enfermé et menacé d'être émasculé, il parvient à s'échapper à nouveau, mais se retrouve esclave chez les Barbaresques. Il a la chance d'être au service d'un maître, Vénitien renégat, qui lui offre son amitié en le chargeant d'une fonction assez particulière.
Le mal du pays le rattrapant, il reviendra chez lui et manquera de périr dans la destruction de son village. Il perdra toute croyance en un être divin, mais découvrant qu'il reste encore des êtres généreux, il retrouvera foi en l'humanité.