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A la fin du Second Empire, la Cour des comptes est une comptes institution solide. La France est fière de l'organisation et du contrôle de ses finances publiques comme elle l'est de son développement économique. La critique des irrégularités commises par le préfet Haussmann dans les grands travaux de Paris vaut à la Cour une notoriété certaine dans le monde politique. Et pourtant, la période qui suit est la plus mouvementée de son histoire.
Après la proclamation de la République le 4 septembre 1870, ce n'est pas tant la guerre que la Commune qui bouleverse l'institution : en mai 1871, en même temps qu'aux Tuileries, les insurgés mettent le feu au Palais d'Orsay, que la Cour partage avec le Conseil d'Etat. Tout est détruit. Installée à titre provisoire dans des salles du Palais-Royal, la Cour des comptes renaît en quelques années. Elle le doit à son Premier président, Ernest de Royer, en fonction de 1863 à 1877, et à l'efficacité des services du ministère des Finances.
La juridiction échappe aux sévères épurations de la Troisième République naissante. Après des années mouvementées, c'est le retour au statu quo à la Cour des comptes. Alors que le secteur public se transforme, il manque dans les années 1880 une vision prospective sur la gestion administrative. Les réformes, pourtant nécessaires, attendront un demi-siècle. Quant au relogement de la Cour des comptes, il n'aboutira qu'en 1912.