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Le docteur Jonathan-Lemuel Gull s'engage comme médecin de bord sur le Marion-Dufresne, le navire chargé de relier les îles des "Terres Australes Antarctiques Françaises", dont les Kerguelen, pour lesquelles il éprouve une envahissante passion pour y vivre. Nous découvrons avec lui ces îles perdues, difficilement accessibles, inhospitalières et battues par les vents. Il se confronte à leurs dures réalités et à ses désirs.
Puis il entre dans un long rêve îlien. Avec un archipel inconnu et protégé du monde extérieur, en totale autarcie. En très lointain lien avec son roman préféré, son héros, Gulliver, et son illustre auteur, Jonathan Swift.