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Ce Dictionnaire historique de la Franche-Comté sous les Habsbourg (1493-1678) comprend trois tomes : Tome 1 : les personnages ; parfois connus ou célèbres, il s'agit surtout d'hommes et de femmes représentatifs de leur milieu social ou professionnel. Tome 2 : les matières, dans tous les domaines : géographie, politique, diplomatie, administration, religion, économie, société, culture, art, sciences naturelles.
Tome 3 : les lieux ; villes, bourgs, forteresses, abbayes, prieurés, etc. ; un atlas complète la présentation. Ce dictionnaire ambitionne de rassembler toutes les connaissances accumulées par diverses recherches depuis une trentaine d'années. L'époque des Habsbourg a été peu étudiée. Il n'existe, pour l'instant, aucune synthèse globale, depuis le règne de Philippe le Beau ou celui de Charles Quint jusqu'à l'annexion de la province par le roi de France Louis XIV.
Cinquante historiennes et historiens ont participé à la réalisation de cet ouvrage. Ce dictionnaire en trois tomes est d'abord un instrument de travail. Il ambitionne de rassembler toutes les connaissances accumulées par diverses recherches depuis une trentaine d'années. L'époque des Habsbourg a été peu étudiée. Il n'existe, pour l'instant, aucune synthèse globale, depuis le règne de Philippe le Beau jusqu'à l'annexion de la province par le roi de France Louis XIV.
Tout reste à faire, grâce aux archives abondantes disponibles. C'est la raison pour laquelle nous avons accordé beaucoup d'importance à la bibliographie, aux livres et aux articles. Chaque notice est suivie, si possible, d'une ou plusieurs références. Chemin faisant, nous voulons aussi lever des malentendus, défendre quelques idées fortes, mettre en évidence des caractères originaux : La Franche-Comté, correspondant au comté de Bourgogne, n'était pas un Etat indépendant, autonome ou souverain, mais une province.
Cette province était unie aux Pays-Bas (issus des anciens Etats bourguignons des ducs Valois), d'où l'abondance et la fréquence des liens avec les Flandres, terme familier pour désigner à l'époque l'ensemble des Pays-Bas. La Franche-Comté n'était pas espagnole ou hispanique mais elle avait des liens très étroits et très fréquents avec les souverains espagnols, puisque les comtes de Bourgogne étaient aussi (très souvent) en même temps rois de Castille et d'Aragon.
En dépit de ce rattachement dynastique, la Franche-Comté ne fut pas hispanisée ; en réalité, les influences politiques, religieuses, artistiques, économiques, situent la province au coeur des liaisons entre les Pays-Bas (Malines, Bruxelles, Louvain, Lille, Arras, Tournai, Valenciennes, etc.) et les Etats de l'Italie du Nord (Milan, Gênes, Turin, etc.). L'hostilité envers le royaume de France n'empêchait nullement les échanges économiques et sociaux ; les possessions de fiefs de part et d'autre de la frontière, les déplacements de population, la fréquentation des universités françaises, les influences artistiques et les approvisionnements alimentaires (aux foires de Lyon et par la Saône, au port d'Auxonne) en témoignent.
La "guerre de Dix Ans" n'a pas existé, pas en tant que telle ; il s'agit de la partie comtoise de la grande déflagration européenne appelée guerre de Trente Ans (1618-1648). Les liens entre la Franche-Comté et la couronne espagnole se sont fortement renforcés à partir de 1635 et surtout entre 1668 et 1678. Enfin, Besançon, cité impériale et métropole (siège d'un archevêché), était une enclave qui entretenait des liens étroits avec le comté de Bourgogne mais aussi avec les institutions de l'Empire des Habsbourg, notamment la Diète et la cour impériale.