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Trois années se sont écoulées depuis la Grande Guerre d'Aoi. Fort des indices récupérés de planète en planète, Shiki, désormais considéré par les autorités comme un des Six Généraux galactiques, poursuit Ziggy. Sur sa route, l'Edens Zero secourt le Captain Connor et met la main sur des informations concernant l'usine de fabrication de robots de Ziggy. Le vaisseau met le cap sur Lendard, la planète mécanique au mouvement perpétuel.
Mais contre toute attente, Hawley, membre d'Oracion Seis, entre en contact avec Shiki et lui propose une alliance... L'action se déplace à Cosmos Kaede où une nouvelle grande bataille se prépare !