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La présence d'un atelier d'embaumeur, bien qu'a priori normale sur une nécropole, n'a été que très rarement identifiée sur un site égyptien. Le plan du bâtiment, très différent de celui des tombes, et les artefacts qui y ont été trouvés, en tout premier lieu un couteau d'embaumeur, rendaient cette identification certaine. Pendant longtemps, on a pu se contenter au Deir de pratiquer la momification dans une structure temporaire, au voisinage immédiat de la tombe, comme c'est le cas sur la nécropole Nord-Est.
A l'époque ptolémaïque, augmentation de la population due à une prospérité accrue a pu imposer la construction d'un atelier permanent pour faciliter le travail des embaumeurs. Le matériel céramique, très abondant, s'échelonne du IIIe siècle avant J.C. au Ve après J.C. ce qui indique que, dans cette dernière phase, l'atelier a été utilisé pour des chrétiens. En effet, la nécropole Ouest, toute proche, est une nécropole chrétienne datée de la fin du IVe et du Ve siècle après J.C.