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Kazuya a intégré l'académie Genetics pour combattre les Nova, des créatures venues d'une autre dimension. C'est là qu'il rencontre Satellizer, la "reine intouchable", en qui il croit reconnaître sa soeur décédée. Après avoir dû faire face aux défis des Pandora des classes supérieures, les deux jeunes recrues se rapprochent de plus en plus. Les meilleures Pandora du monde entier sont de nouveau réunies au sein d'une nouvelle unité mixte réunissant Pandora et Valkyries : la 13e section.
Mais l'ambiance n'est pas au beau fixe, car l'affaire des e-Pandora est encore dans tous les esprits. Anneth et ses amies vont rapidement se heurter au caractère bien trempé de Charlène, qu'elles tiennent pour responsable du départ d'Elisabeth. A son grand regret, Satellizer se retrouve bien vite prise dans la tourmente...