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Kazuya a intégré l'académie Genetics pour combattre les Nova, des créatures venues d'une autre dimension. C'est là qu'il rencontre Satellizer, la "reine intouchable", en qui il croit reconnaître sa soeur décédée. Après avoir dû faire face aux défis des Pandora des classes supérieures, les deux jeunes recrues se rapprochent de plus en plus. Au cours d'une simulation de combat, les Nova d'entraînement s'emballent, et d'étranges ombres apparaissent, semant la panique parmi les Pandora.
C'est alors qu'au milieu de ce chaos, Satellizer voit apparaître devant elle la légendaire Kazuha.