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Dès ses origines, le christianisme fait face aux hérésies. En 1022, les chanoines de la cathédrale d'Orléans sont victimes du premier autodafé. De grandes voix comme celle de Bernard de Clairvaux s'élèvent contre la persécution des hérétiques, mais en 1200 le pape Innocent III décide d'envoyer une légation en Languedoc pour combattre le catharisme. Croisade des Albigeois contre les Cathares, création des ordres mendiants dominicains et franciscains constituent les premières étapes de la mise en place de l'organisation inquisitoriale, qui ne cessera en France qu'avec Louis XII.
Pour le seul Languedoc, 5 % de la population sera victime de persécutions entre le XIIe et le XIVe siècle. L'inquisition se développe dans toute la chrétienté : en Italie (avec pour victimes célèbres Bruno, Savonarole, Galilée), en Bohême (Hus), en Allemagne et plus encore en Espagne, après le Reconquista. Juifs et musulmans sont martyrisés puis expulsés. 20 000 victimes sont brûlées vives en deux siècles.
L'Eglise s'attaque ensuite aux sorciers, en France et en Allemagne, jusqu'à ce que la Réforme débouche sur les guerres de religions... et plus de tolérance. Cette grande fresque menée d'un rythme vif court sur cinq siècles d'histoire : une période noire de l'histoire européenne qui trouve écho dans les fanatismes religieux d'aujourd'hui.