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L'université de Toulouse a pris forme entre 1229 et 1245 et a acquis ses statuts définitifs au début du XIVE siècle. Elle atteignit alors son apogée médiéval ; ses effectifs de maîtres et d'étudiants en faisaient la seconde université française après celle de Paris et son aire de recrutement s'étendait de l'Atlantique à la Méditerranée, du Massif central aux Pyrénées, avec d'importants prolongements dans la péninsule Ibérique.
Après 1350, elle entre dans un siècle de difficultés : guerres, épidémies, désordres religieux, mutations politiques, incertitudes morales et intellectuelles. Elle parvient cependant à surmonter, mieux que d'autres, ces crises successives et dans les années 1470 une importante série de réformes lui permettent de reprendre sa croissance et d'entrer dans une ère nouvelle, celle de l'humanisme et de la Renaissance.
L'université de Toulouse a été l'une des plus anciennes et des plus importantes universités occidentales du Moyen Age. Elle s'est illustrée en particulier, comme les autres grandes universités du versant méridional de l'Europe — Bologne, Padoue ou Salamanque —, par l'excellence de ses enseignements juridiques. Mais elle ne se réduit pas à un modèle préexistant. Elle a été une création originale, qui se distinguait par l'équilibre de ses institutions, l'ampleur de son rayonnement et le dynamisme de ses maîtres — les doctores Tholosani.
Tout en préservant son autonomie, elle s'intégrait profondément dans le tissu social et culturel de la ville de Toulouse et de la région toulousaine ; elle est devenue un élément de leur identité même, y fondant, sur des bases historiques solides, une tradition d'enseignement supérieur qui s'est perpétuée jusqu'à nos jours.