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La nouvelle ère a choisi. Kenshin sort vainqueur de son duel acharné contre Makoto Shishio. L'ultime menace que représentait ce dernier pour le gouvernement Meiji et son ère de paix disparaît dans les flammes. Pendant que Kenshin et ses amis soignent leurs blessures et célèbrent leur victoire, les membres survivants des "dix sabres" entament une nouvelle vie. Vient enfin l'heure du retour à Tokyo.
Kenshin, Sanosuké, Yahiko et Kaoru rentrent chez "eux" et reprennent leur vie quotidienne, jusqu'à ce que des événements étranges viennent troubler leur quiétude...