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Le sergent Keroro, venu de la 58e planète de la nébuleuse Gamma, chef de l'unité de manoeuvre des forces spéciales armées pour l'invasion de l'univers, s'est infiltré chez les Hinata pour accomplir sa mission, mais il est capturé sans difficulté par Fuyuki et Natsumi. Encouragé par la cordialité de Fuyuki, il s'installe chez eux, mais la situation se complique passablement lorsqu'arrivent ses seconds, le deuxième classe Tamama "à double personnalité" , le "bouillonnant" caporal Giroro, l' "électrique" adjudant Kululu ou encore "la reine de la terreur" , Angol Mois.
Que va-t-il se passer dans la base secrète où les expériences les plus folles semblent permises ? Les jours se suivent dans un vacarme désormais familier, mais un nouvel événement va peut-être tout chambouler... !