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Les relations entre la nature et les frontières sont traditionnellement conçues comme antagonistes : tandis que la nature ne connaîtrait pas de frontières, le droit public est, d'un point de vue spatial, structuré par les frontières. Le dépassement d'une telle opposition est cependant engagé, sous l'influence de plusieurs facteurs. D'abord, le droit de l'environnement crée ses propres frontières, indépendantes des frontières humaines et calquées sur celles de la nature.
Les notions de zonage écologique et, surtout, de réseau écologique participent de ce mouvement. Ensuite, le droit de l'environnement recourt à la coopération transfrontalière, comme technique d'effacement fonctionnel de la frontière politique. Enfin, une complémentarité s'affirme entre le droit de l'environnement et le droit de la coopération transfrontalière infra-étatique. Le droit de coopérer a été reconnu aux collectivités territoriales et aux établissements publics compétents en matière de conservation de la nature, et des outils de coopération relativement adaptés à ce domaine ont été mis à leur disposition.
Toutefois, une telle complémentarité est mise à l'épreuve par les différences importantes qui peuvent subsister entre les droits nationaux d'Etats frontaliers et, surtout, par la responsabilisation insuffisante des acteurs de la coopération infra-étatique face aux obligations internationales environnementales. Ainsi, au sein du droit de l'environnement transfrontalier, le secteur émergent de la nature transfrontalière n'est pas encore aussi mature que celui, plus ancien, des pollutions transfrontières.