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L'auteur n'étudie pas le cartésianisme, rationalisme suspect, aux yeux de certains catholiques, de mettre la foi en danger. Il prend le parti de revenir à Descartes lui-même, à la genèse de son oeuvre, liée aux événements d'une vie, elle-même liée à l'histoire de son siècle. Une première partie y distingue des périodes comprenant des rencontres décisives, des voyages, des publications (sources de polémiques), des projets.
A partir de 1640 le cartésianisme est reconnu par les " mondains ", les savants, les religieux, et Descartes fait figure de chef d'école. Les résultats de cette minutieuse enquête, dans la deuxième partie de l'ouvrage, de discerner les intentions apologétiques de Descartes, sa vision des rapports de la raison avec la foi. " Certes, écrit Henri Gouhier, Descartes a voulu défendre la cause de Dieu, combattre les athées et les libertins...
il accuse la scolastique d'avoir perverti la théologie comme la physique... ". Mais le Dieu du philosophe n'est pas celui de la Révélation ; si philosophie et théologie sont séparées (séparation qui protège l'ineffabilité de l'infini divin), il ne peut y avoir aucun conflit entre elles (car elles ont la même racine : une foi absolue en la Vérité). Descartes est resté sereinement attaché à la religion de son pays, mais sa philosophie n'est pas religieuse, comme le sera la philosophie chrétienne de Malebranche.