Onze ans après avoir quitté Marseille, Thibault de Cervières s'apprête à revoir les siens. Alors que le trois-mâts corsaire sur lequel il est embarqué s'approche lentement du port de la cité, le jeune homme rêve à ces retrouvailles. C'est un chaos général qui l'accueille pourtant alors qu'il pose les pieds sur le quai de la Ville. Depuis quatre ans, Marseille qui refuse de reconnaître Henri IV, « le roi hérétique », vit sous le joug de deux chefs sanguinaires Charles de Casaulx et Loys d'Aix.
La ville est exsangue, la terreur règne, les protestants ont été exterminés, les Marseillais ont peur. Dans cette ville dévastée et bâillonnée, Thibault se retrouve seul et sans nouvelle de personne. Ses connaissances en médecine l'amènent au coeur de la misère et de la folie qui règnent en maître. Aidé de la seule personne qu'il connaisse, le très riche et impitoyable corsaire Simon Danzer, il part à la recherche de son père, de sa soeur et de son identité perdue.