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Nous sommes au Péru à la fin du 15e siècle. Les conquistadors étendent leur domination sur les Incas. Le récit commence dans la ville de Puma Chupan qui est dirigée pas les Espagnols. Emilio de Monstesinos est l'administrateur de celle-ci, et il est plutôt bienveillant avec les Incas. Son rival, Juan Gines de Sepulveda, est lui favorable à l'esclavage de "ces indigènes qu'il méprise". Fana, la fille de Montesinos, prend un jour la défense de deux jeunes incas qui sont accusés de vol.
Ces derniers, Titu et Amaru, sont en fait les fils de l'empereur Qhapaq. Montesinos les prend sous son aile et leur donne la même éducation que Fana sous la tutelle du prêtre Caransa. Titu parle bien espagnol et il est calme et posé, alors qu'Amaru, l'héritier du trône, ne parle que quechua. L'empereur Qhapaq est exaspéré par les atrocités commises par les Espagnols et il décide de lever une armée pour les combattre.
Les conquistadors accusent Montesinos de collaborer avec les Incas et ils viennent l'arrêter. Ce dernier choisit le suicide au lieu de l'Inquisition. Fana, Titu et Amaru réussissent à s'échapper, notamment grâce au talent de combattant de Titu qui se transforme en bête féroce sous les invocations de son frère. Ils sont recueillis par des prêtres qui vont les emmener dans un labyrinthe souterrain censé mener à l'empereur Qhapaq lui-même...