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Eté 1984. Un petit groupe de plongeurs débarque dans un minuscule archipel au large de l'île de Sumatra en Indonésie, les îles Banyak. Léo, sa femme Isabelle et leur ami Bernard sont des documentaristes venus au bout du monde au service d'une cause, l'écologie : ils veulent démontrer par le film qu'ils préparent comment l'homme en détruisant son environnement se détruit lui-même. Le projet tourne à la tragédie quand Isabelle, enceinte, est dévorée par un crocodile géant sous les yeux de Léo.
Avec le concours des habitants de l'île, Léo et Bernard partent en chasse du reptile… S'ils échouent à le tuer, ils le blessent à l'oeil. Léo ressent un curieux lien avec l'animal. Secondé par Bernard et Sap, un jeune Indonésien, il plonge dans le repaire sous-marin du crocodile. Il échoue une fois de plus à le tuer. Mais, mystérieusement, le monstrueux animal le laisse emporter le cadavre de sa femme.
Trente ans plus tard, Léo retrouve les îles Banyak, dans un territoire encore traumatisé par le tsunami. Tel le capitaine Achab pourchassant jusqu'à la folie Moby Dick, Léo dit en finir avec celui que les autochtones appellent désormais « N'a-qu'un-oeil ». Mais sa soif de vengeance n'a-t-elle pour objet que le seul crocodile ?