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Depuis saint Thomas d'Aquin le péché philosophique était connu comme étant une offense à la raison et se distinguait du péché théologique qui offense Dieu. En 1686, une thèse soutenue à Dijon par un jésuite reprend la distinction et considère que ce péché philosophique concerne ceux qui ignorent Dieu ou ne pensent pas actuellement à lui et, de ce fait, ne commettent pas de péché mortel et sont exemptés de peine éternelle.
Cette précision aussitôt vigoureusement réfutée par le grand théologien janséniste Antoine Arnauld est condamnée par Rome en 1690. Intervenant dans le cadre plus vaste de la querelle de la grâce opposant, à l'intérieur du catholicisme, jansénistes "rigoristes" et jésuites "laxistes" et à un moment consécutif à de grands bouleversements, tant de l'histoire de l'Eglise avec la rupture de la Réforme, que de celle du monde avec les grandes découvertes qui ont pesé sur nos mentalités occidentales, cette brève querelle théologique rapidement tombée dans l'oubli et en soi aujourd'hui bien éloignée de nos modes de pensée n'en constitue pas moins un épisode révélateur d'une fracture majeure par où la philosophie a pu conquérir son autonomie.