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La quête des origines ... Emilien et Noémie ont aidé à libérer l'Angleterre mais la guerre n'est pas finie pour autant. Le Major Winfrey ne tarde pas à venir les chercher avec des nouvelles alarmantes : les laboratoires européens travaillant en secret sur les technologies obscures ont été réduits en cendre par des robots russes ! Les laboratoires anglais pourraient être leur prochaine cible ! En tout cas, cette fois-ci, pas question pour les enfants d'opérer seuls : les autorités veulent les tenir à l'oeil.
A Londres, Emilien et Noémie rejoignent les bureaux secrets du le Mi3 et sont associés au Professeur Payton. Ce biologiste cellulaire a remarqué leur singularité génétique, ce qui pourrait expliquer leur proximité avec les technologies obscures. Les enfants y voient le moyen d'améliorer leur détecteur et de retrouver leurs parents. Mais une attaque menée par Hector et ses robots russes les oblige à fuir.
Suivant le signal de leur machine, ils découvrent une île cachée dans les nuages ! C'est là que nos amis font la connaissance de Mathilde. Cette fillette, encore plus érudite qu'eux, semble avoir la même singularité génétique. Elle survit ici depuis un moment, avec pour seule compagnie son robot Pops. Où sont ses parents ? Quel lien ont-ils tous avec les technologies obscures ? Nos deux héros vont tenter de le découvrir, malgré la menace Russe toujours plus proche.
Une chose est sûre, Mathilde prouve qu'ils ne sont pas seuls à avoir une singulière destiné. Reste à savoir quels horizons celle-ci les amènera à dépasser ...