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Chirurgien de guerre pendant quarante ans et chirurgien de quatre rois de France, l'histoire a d'abord retenu sa popularisation de la ligature des vaisseaux après amputation, en remplacement de la très douloureuse cautérisation. Esprit inventif, il réintroduit la version podalique, perfectionne l'instrumentation et crée des prothèses de nez, de main, de bras et de jambe. Il utilise la méthode expérimentale pour l'évaluation des traitements, tout en croyant en l'astrologie.
Il dénonce courageusement les tromperies des traitements avec la momie et la licorne. Ses ouvrages, écrits en moyen français au lieu du latin qu'il ne connaissait pas, ont embrassé les connaissances chirurgicales, anatomiques et médicales de son temps. Il s'est heurté à la tenace hostilité de la Faculté de médecine de Paris pour ne pas s'être cantonné à la chirurgie. Ce calviniste, le plus grand chirurgien français de la Renaissance, partage les préjugés de son époque : intolérance vis-à-vis des athées et des homosexuels, voués à la mort ; misogynie considérant que les femmes, créatures "imparfaictes" , doivent être tournées vers les travaux domestiques et complaisantes "au lict de mariage" ; mépris pour les "goujats et putains" qui suivent l'armée ennemie et qu'il fait tuer au canon, alors que ce n'est pas utile et contre l'avis du chef de l'artillerie.
Paré se remarie après un veuvage rapide de deux mois et demi avec une jeune femme de quarante-quatre ans sa cadette. Il déshérite sa fille d'un premier lit, y compris des biens immobiliers provenant de sa mère, mais la justice la rétablira dans ses droits au détriment de sa trop cupide belle-mère après la mort de son père.