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Dans les Principia philosophiae, publiés pour la première fois en latin en 1644, Descartes expose sous une forme synthétique ce que les analyses des Méditations et du Discours avaient mis à jour, à savoir l'articulation entre les principes généraux de la connaissance humaine, les principes des sciences et ses découvertes sur la structure du monde physique. C'est dans la Lettre-préface à son traducteur français, l'abbé Picot, qu'apparaît aussi la célèbre conception de la philosophie comme une arborescence, à partir des racines métaphysiques, en un tronc de la physique puis trois branches principales que constituent la médecine, la mécanique et la morale.
Filant la métaphore, Descartes vise le " dernier degré de la sagesse " comme le fruit ultime de cette croissance organique du savoir : " Or comme ce n'est pas des racines, ni du tronc des arbres, qu'on cueille les fruits, mais seulement des extrémités de leurs branches, ainsi la principale utilité de la philosophie dépend de celles de ses parties qu'on ne peut apprendre que les dernières ".