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An 2000. Un astéroïde frappe la Terre, provoquant un cataclysme sans précédent. Les humains qui survivent construisent une nouvelle ville, Tokyo-3, et s'apprêtent à vivre enfin en paix lorsque de mystérieuses créatures appelées Anges apparaissent, semant la terreur et la destruction. Pour repousser ces attaques, la N. E. R. V. a mis au point des robots de combats appelés Evangelion. Ces machines de guerre sont maintenant opérationnelles et chacune est servie par toute une équipe.
Apparaissent inévitablement des dissensions au sein du groupe, qui constituent pour la N. E. R. V. un nouveau danger aussi redoutable que les Anges eux-mêmes... Le retour du manga culte par excellence...