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En 1544, après quatre ans de négociations, le conflit entre Genève et Berne au sujet des terres de Saint-Victor et de Chapitre trouve une résolution avec le Second Départ de Bâle. En revanche, les démarches avec la France pour récupérer le mandement de Thiez se soldent par un échec définitif. Toutes ces démarches ont conduit le gouvernement à rassembler les titres de la Ville, dont il entreprend désormais la conservation.
La conjoncture difficile de l'année précédente se poursuit, obligeant les autorités à ravitailler la ville en céréales et les incitant à poursuivre la politique d'expulsion des étrangers indigents. Les finances sont fortement sollicitées à la fois par l'hôpital général et par la défense de la ville, dans un contexte tendu engendré par les hostilités entre le roi de France et l'Empereur. Toutefois, la paix conclue entre les deux souverains et ses corollaires inquiètent, en particulier la restitution de ses terres au duc de Savoie, lequel représente un danger beaucoup plus immédiat pour Genève.
En matière de religion, l'année est consacrée à la mise en place de la prédication à la campagne, notamment dans les paroisses cédées à Genève et dans les paroisses mixtes.