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Nous sommes en 20XX dans la ville de Neo Domino City. Sous la clameur du public, Yûsei Fudô et Secto viennent de commencer un duel !! À la fin de la partie apparaît le Chevalier squelette, un mystérieux personnage qui fait l'objet d'une légende dans la ville… Les présentations sont à peine faites qu'il est déjà en train de défier Yûsei dans un duel dont l'enjeu n'est autre que l'âme du jeune duelliste !!