2009 : un porte-avions américain et toute sa flotte sont attaqués et coulés par un mystérieux ennemi surgi des profondeurs de la Méditerranée. Rescapée du naufrage, le commandant Rochelle Jackson a juste le temps de reconnaître le Goliath. Goliath : un monstrueux sous-marin d'attaque nucléaire en forme de raie manta, conçu dans le plus grand secret par le ministère de la Défense et dont les plans auraient été détruits, des années auparavant, par son fiancé de l'époque Gunnar Wolfe.
En réalité, le Goliath a bel et bien été construit et se trouve entre les mains de Simon Covah, un informaticien russe de génie qui avait participé au projet. Traumatisé et défiguré lors de la guerre en ex-Yougoslavie, Covah a pris la tête d'une croisade pour obtenir le désarmement général, en brandissant lui-même la menace nucléaire... L'ancienne équipe du Goliath, incluant Rochelle et le " traître " Gunnar Wolfe, est alors reconstituée par le gouvernement américain.
Son objectif : retrouver le sous-marin réputé invincible et le détruire. Commence ainsi une véritable course contre la montre à travers les mers du globe, tandis que Covah met ses menaces à exécution en attaquant, entre autres, l'Irak. A cette traque palpitante dont dépend le sort de l'humanité s'ajoute, à l'insu de tous, un élément nouveau : " Sorcière ", l'ordinateur biochimique programmé pour apprendre qui équipe le Goliath, prend conscience de lui-même.
Il est à présent le seul maître à bord...