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Le 29 octobre 1628, le Batavia quitte le port d'Amsterdam. À sa tête, le commandeur Pelsaert, sous ses ordres le capitaine Ariaen. 341 passagers ont embarqué, dont 38 femmes et enfants. Parmi eux, Jeronimus Cornelisz, un apothicaire de Haarlem qui, fuyant ses responsabilités familiales, s'est fait engager comme assistant du commandeur. Ils partent pour huit mois de mer, avec un chargement d'or, de bijoux, de pierres précieuses qui servira au commerce des épices une fois parvenus à Java.
Les marins sont traités comme des esclaves. La Compagnie a établi un arsenal répressif terrifiant. Les conditions sanitaires sont dramatiques : vermine sous toutes ses formes, scorbut, gangrène. La colère gronde parmi les hommes et le basculement dans la violence paraît inévitable. Jeronimus et Ariaen profitent de la maladie du commandeur, qui ne quitte plus sa chambre, pour imaginer prendre le commandement du navire.
La mort de celui-ci serait idéale mais, contre toute attente, il recouvre la santé. C'est donc une mutinerie, avec l'adhésion des hommes, qu'ils mettent alors sur pied, mais. le 4 juin, en pleine nuit, le Batavia se jette à pleine vitesse sur les récifs des îles Abrolhos au large de l'Australie. Sa coque se déchire, sa poupe est projetée en hauteur sous l'impact, l'avant du bateau s'éventre en quelques secondes.
Le bateau résiste six jours. Les va-et-vient en chaloupe vers la terre sont incessants. Pelsaert et Ariaen reprennent la mer pour aller chercher du secours. Jeronimus reste à terre et prend la tête des réfugiés. Tout au long du voyage, puis du naufrage, son évolution psychologique est saisissante. Et ni ses doutes, ni ses atermoiements, ni son sentiment de grande misère personnelle qui alterne avec celui de grandeur ne l'empêcheront de se transformer en un chef avide et violent...