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Le livre d'Henri Hours sur la fin de la Ligue à Lyon fait partie des incontournables de l'historiographie lyonnaise du XVIe siècle alors que très peu de lecteurs ont pu le consulter. C'est son principal paradoxe et c'est l'enjeu de cette édition. Thèse de l'École Nationale des Chartes soutenue en 1951, elle ne fut jamais publiée et conformément au règlement de cette École, elle a été jusqu'à présent incommunicable.
Seuls ceux qui ont connu l'auteur ont pu un jour la lire, ce qui ne l'empêche pas encore aujourd'hui de figurer dans toutes les bibliographies concernant les guerres de Religion. Suite à son décès en 2017 et avec l'accord de sa famille, la Collection Chrétiens & Sociétés a décidé de publier pour la première fois ce mémoire pour le rendre accessible au public lyonnais et aux historiens des affrontements religieux.
Henri Hours s'est attaché à analyser méticuleusement les derniers temps de la Ligue lyonnaise, les années cruciales 1593-1597. Depuis 1589, la ville avait basculé du côté de l'intransigeance catholique au point de rejeter son souverain, Henri IV, et d'entretenir un effort de guerre coûteux mais nécessaire dans une région traversée de frontières confessionnelles. L'évêque, Pierre d'Epinac, les consuls lyonnais, le gouverneur de la ville, les espions savoyards et espagnols, mais aussi les prédicateurs de rue et le petit peuple très enclin à s'alarmer, sont les principaux acteurs de ces événements.
On touche ici les dimensions politiques et religieuses de l'histoire urbaine. Par les délibérations municipales, par les correspondances, par la production pamphlétaire et quelques récits de contemporains, Henri Hours dénoue l'écheveau du basculement politique de la ville vers la soumission au roi. En revenant sur les écrits de certains de ces acteurs, notamment Pierre Mathieu et Claude de Rubys, il interroge aussi la mémoire de l'évènement dans les consciences lyonnaises.