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En 204 avant JC, à Alexandrie, les conseillers du pharaon Ptolémée Philopatôr sont prêts à tout pour s'emparer du pouvoir, quitte à commettre les pires sacrilèges.
600 ans plus tard, un meurtre est commis au sein du Musée, temple de la connaissance d'Alexandrie. Hypatie, jeune philosophe grecque, va mener une enquête périlleuse en compagnie de son père, le mathématicien Théon, dans une période troublée par la montée du fanatisme religieux et de l'intolérance.
Ensemble, ils vont faire ressurgir les mystères du passé.