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A Alcatraz, Machiavel et Billy the Kid suivent le plan des Anciens : ils vont lâcher les monstres d'Alcatraz sur la ville de San Francisco, ce qui devrait éradiquer la race humaine.
A San Francisco, la fin est proche. Josh Newman a choisi son camp et il ne sera pas aux côtés de sa sour, Sophie, ni même auprès de l'Alchimiste Nicolas Flamel. Il combattra avec Dee et la mystérieuse Virginia Dare.
A moins que Sophie retrouve son frère avant le début de la bataille, sinon, tout sera perdu, à jamais.
Les jumeaux de la prophétie ont été séparés, ce qui marque le début de la fin.