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Ichigo Momomiya, 12 ans, est une collégienne pas comme les autres : en effet, à la suite d'un étrange événement, ses gènes ont fusionné avec ceux du chat d'Iriomote, un animal en voie de disparition ! Après avoir retrouvé les autres personnes présentes lors de cet incident, les cinq justicières mew mew sont enfin réunies pour combattre les extraterrestres ! Elles ont désormais une mission : trouver du mew aqua, cette eau prodigieuse aux pouvoirs extraordinaires.
Mais l'alien Quiche et sa bande ne cessent de leur mettre des bâtons dans les roues ! Pendant ce temps, Ichigo craint qu'Aoyama découvre sa véritable identité.