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Même après des siècles, les ninjas sont parmi nous. Jouissant autrefois d'un grand prestige, ces combattants émérites avaient disparu après-guerre, leur organisation prétendument démantelée par les Forces Alliées. En réalité, il n'en est rien. Aujourd'hui, ces maîtres en infiltration, espionnage ou assassinat compteraient près de 200 000 membres : une partie représente une élite prenant part aux conflits à grande échelle, tandis que l'autre peine à se maintenir en activité.
C'est le cas de Kurô Kumogakure, jeune shinobi aussi redoutable que désouvré. Son quotidien de faux oisif bascule le jour où on lui confie enfin une mission : stopper un tueur d'origine russe, prêt à tous les massacres pour infiltrer l'organisation des ninjas.