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Fils d'un bourrelier de Saint-Martin-de-Ré, où il est né en 1853, Thouar quitte son village à vingt ans pour s'installer à Reims, où il a été recruté par la Banque de France. Passionné depuis l'enfance par les récits de grands voyageurs, il est bien décidé à suivre leur exemple. En 1879, il quitte son emploi, abandonne sa femme et son jeune fils pour un voyage qui le conduit au Mexique, en Colombie et au Venezuela.
Conquis par l'Amérique Latine, il repart, trois ans plus tard, à la recherche des restes de la mission d'un célèbre explorateur, Jules Crevaux, assassiné par les Indiens dans une région particulièrement inhospitalière de Bolivie. Fort de cette première expérience et malgré son absence de bagage scientifique, il va se consacrer, pendant près de dix ans, à l'exploration du Grand Chaco bolivien, une région désertique, infestée d'Indiens coupeurs de têtes, manquant à plusieurs reprises d'y laisser la vie.
Avec obstination et courage, il s'efforcera, durant toutes ces années, de démontrer la navigabilité du Rio Pilcomayo. Ce fleuve, long de 1600 km, qui traverse la Bolivie et l'Argentine, pourrait, s'il était navigable, offrir à la Bolivie un débouché sur l'Atlantique. En 1905, après son second mariage, il s'installe pour trois ans à Caracas comme correspondant d'un grand quotidien français. On ignore à peu près tout des dernières années de la vie d'Emile Arthur Thouar.
On sait qu'il se rendaitfréquemment en Argentine, où il a vraisemblablement trouvé la mort entre 1915 et 1920...Thouar était très fier de ses racines rétaises. Il est resté toute sa vie fidèle à son île où il aimait venir se ressourcer entre deux expéditions.