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Début des grandes vacances. Alors que des tensions règnent dans le village (un groupe d'écologistes manifeste contre la pollution au méthane causée par la digestion des vaches), Clara et Walter accompagnent Papi Marcel lors de sa montée en alpage. Il conduit ses vaches dans sa cabane d'altitude pour y produire son fameux gruyère d'alpage, tandis que les enfants s'occuperont notamment de Praline et de Giboulées, les deux chèvres.
Dans le même temps, Luigi, qui est remonté au refuge pour la saison d'été, a laissé les rennes de la trattoria à Laura... qui tente de cohabiter tant bien que mal avec Giuseppina. Après quelques jours passés en altitude, entre rando jusqu'au refuge, nuit dans le foin et sieste dans les alpages pour surveiller les bêtes, un événement fâcheux survient : une vache a disparu du troupeau. Serait-ce le fait d'un autre alpagiste, jaloux que Marcel remporte chaque année la médaille d'or lors du concours régional agricole dans la catégorie "gruyère" ? Des écolos qui ne veulent plus voir de vaches dans les montagnes à cause du méthane ? Heureusement, les enfants retrouvent la vache égarée.
Mais c'est ensuite au tour des deux chèvres de disparaître. Peu après, un couple qui bivouaquait un peu plus loin dans l'alpage crie à l'attaque au loup, après que ses provisions ont été dévorées dans la nuit. Kanala devient alors le coupable tout désigné. Tout en menant l'enquête pour tenter d'éclaircir tous ces événements inhabituels, Clara et Walter vont devoir s'employer à innocenter leur cher Kanala.