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La pensée d'Héraclite s'est séparée à la fois de la spéculation mythologique ou philosophique et de tous les systèmes religieux et sociaux qui l'ont précédée. C'est qu'elle ne cesse de se constituer dans la distance qui sépare, dans le dire, entre le dit et la diction. La réflexion projette sur les choses la contradiction qu'elle abstrait dans la signification. Elle n'y réussit qu'en se situant à l'extérieur, dans ce lieu distinct et factice, d'où apparaissent les différences inhérentes aux manières de dire et de faire.
Elle est critique par la référence que toujours elle pose, et par les distinctions qu'elle y établit. Ayant d'abord reçu pour fonction de préfigurer le radicalisme de la pensée sophistique, Héraclite a fini par être assimilé aux métaphysiciens qu'il avait par avance contredits, par être paradoxalement considéré comme le patron de la philosophie de l'Absolu. Tributaire des textes altérés au cours de cette histoire, la philologie du XIXe siècle n'a pu distinguer le "séparé" dans les cultures de l'unification.
Même après Hegel, les philosophes n'ont pas percé l'écran que leur opposait la vulgate, armée de l'autorité de la science.